El inicio de la fundación de CIUDAD SANDINO, se remonta al año de 1969, cuando se producen graves inundaciones por la crecida del lago Xolotlán, producto de una depresión tropical en el país. Los barrios adyacentes a la costa del lago como La Tejera, Miralagos, Quinta Nina, Acahualinca y otros fueron afectados por el fenómeno, teniéndose que trasladar a sus habitantes a un lugar más seguro.
El Gobierno de ese entonces, formo el proyecto de Organización Permanente de Emergencia Nacional cuyas siglas son (OPEN N° 3), negociando la compra de las propiedades algodoneras de la familia Blandón para asentar ahí a las familias damnificadas producto de la crecida del lago. Se poblaron dos zonas que se corresponden con el OPEN - 3 (actual núcleo poblacional de CIUDAD SANDINO) y Bella Cruz, (conocida como Zona N° 8). Primeramente se le dio el nombre de Reparto Santa María en los recibos de abonos para la adquisición de terrenos por la familia Blandón; posteriormente se sustituyo por el nombre de OPEN - 3.
En 1971 no había transporte público, por lo cual los pobladores debían caminar hasta la cuesta del plomo para tomar el bus que salía hacia Managua. El transporte era pésimo, no satisfacía la demanda de los usuarios, por lo que se instalo una cooperativa de buses del Sr. Victorino Lara.
El 17 de Julio de 1979, con la caída del Gobierno del General Anastasio Somoza, el nombre de OPEN - 3, fue cambiado a CIUDAD SANDINO, por el compositor "El Gato Aguilar", el cual fue aceptado por la ciudadanía y hasta hoy se conserva. En el año 1995, el comité distrital para el desarrollo, solicito la aprobación de una Ley que eleve el distrito al rango de Municipio, argumentando los factores geográficos y socioeconómicos. El proyectos de Ley fue sometido a la Asamblea Nacional.
En octubre de 1998, las orillas del lago Xolotlán por causa del huracán Mitch, crecieron e inundaron los barrios adyacentes a sus costas, teniéndose que trasladar a 7,000 personas al asentamiento "Nueva Vida", ubicado en el costado oeste de CIUDAD SANDINO. A través de la Ley N° 329, CIUDAD SANDINO y el Crucero, publicada en Enero del 2000, se crea el Municipio de CIUDAD SANDINO formando parte del Departamento de Managua.